Topografi Desa Kebonagung adalah berupa Dataran dengan luas wilayah 122.535 Ha. Secara geografis Desa Kebonagung terletak pada posisi 7°21'-7°31' Lintang Selatan dan 110°10'-111°40' Bujur Timur.

Secara administratif, desa Kebonagung terletak di wilayah Kecamatan Rengel Kabupaten Tuban dibatasi oleh desa desa tetangga diantaranya :

Sebelah Utara                   : Desa Pekuwon

Sebelah Selatan                : Desa Rahayu

Sebelah Barat                   : Desa Sumurcinde

Sebelah Timur                   : Desa Bulurejo

Jarak tempuh Desa Kebonagung ke ibu kota kecamatan adalah 5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 Menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 35 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 60 Menit.

Wilayah Desa Kebonagung terdiri dari 2 Dusun yaitu : Dusun Popohan dan Dusun Prumbon, yang masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Dusun. Posisi Kasun menjadi sangat strategis seiring banyaknya limpahan tugas desa kepada aparat ini. Dalam rangka memaksimalkan fungsi pelayanan terhadap masyarakat di Desa Kebonagung, dari kedua dusun tersebut terbagi menjadi 4 Rukun Warga (RW) dan 10 Rukun Tetangga (RT).