Setiap desa pasti memiliki sejarahnya masing-masing demikian halnya dengan Desa Kebonagung. Sejarah asal muasal desa seringkali tertuang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun-temurun dan disampaikan dari mulut kemulut. Sehingga sulit dibuktikan kebenarannya secara fakta.

Desa Kebonagung dulunya adalah gabungan 2 desa yaitu Desa Prumbon dan Desa Popohan lor  dan sejak Tahun 1944 Desa Prumbon dan Popohan Lor digabungkan menjadi satu dan di beri nama DESA KEBONAGUNG oleh Bupati Tuban yang ke 39 yang bernama R.T. SUDIRMAN HADIATMOJO dan di pimpin oleh seorang Kepala Desa yang bernama JOYO ASTRO DIRAN .

Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut: SURASMAN Kepala Desa (tahun1990 s.d 2006), SUNORO AGUNG P. (tahun 2007 s.d 2013), SULISTYOWATI Kepala Desa (tahun .2013 s.d 2027)