Desa Kebonagung adalah berupa Dataran dengan luas wilayah 122.535 Ha. Secara geografis Desa Kebonagung terletak pada titik koordinat -7.087104 Lintang Selatan dan 111.969801 Bujur Timur.

Secara administratif, desa Kebonagung terletak di wilayah Kecamatan Rengel Kabupaten Tuban dibatasi oleh desa desa tetangga diantaranya :

Sebelah Utara                   : Desa Pekuwon

Sebelah Selatan                : Desa Rahayu

Sebelah Barat                    : Desa Sumurcinde

Sebelah Timur                   : Desa Bulurejo

Jarak tempuh Desa Kebonagung ke ibu kota kecamatan adalah 5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 Menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 35 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 60 Menit.